《宝可梦 绿宝石》的故事设定在与前作
关都地区和
城都地区有一定距离的
丰缘地区，其设计基于日本的
九州岛和
九州地方，然而相比其原型旋转了90°，因为
增田顺一感到此举会带来更好的游戏平衡。丰缘地区包含了九座城市、六座城镇和多个景点，彼此之间以道路互相连接。增田顺一声明地名来自汉字“豊縁”，意为丰缘地区是个有“丰富缘分”的场所，表示人与宝可梦关系的主题。
因父亲在丰缘地区任职
道馆馆主而从城都地区搬来的主角，在
未白镇与
小田卷博士的孩子一同踏上了旅行。冒险途中，主角遇到了想要扩大陆地的
熔岩队和想要扩大海洋的
海洋队。熔岩队老大
赤焰松用
朱红色宝珠释放了
固拉多，但却未能成功控制。为了控制固拉多并满足自己扩大陆地的野心，熔岩队尝试抢夺绿岭宇宙中心的火箭燃料，并利用它们让烟囱山喷发。然而一波未平，一波又起。在主角和
大吾一同成功控制了绿岭宇宙中心的局面后，海洋队老大
水梧桐在
海底洞窟用
靛蓝色宝珠唤醒了
盖欧卡。固拉多和盖欧卡的争斗引起了丰缘地区东部海洋天气陷入异常，时而烈焰当空，时而狂风暴雨。为了平息固拉多和盖欧卡的争斗，主角需要前往
天空之柱唤醒
烈空坐并寻求它的帮助。主角力挽狂澜、平息超古代宝可梦所带来的灾难后，将到达
彩幽市的宝可梦联盟，挑战
四天王和
冠军。
主角最初的伙伴会从
草属性的木守宫、
火属性的火稚鸡和
水属性的水跃鱼这3只宝可梦中选择。其中草属性克制水属性、水属性克制火属性、火属性克制草属性。
《宝可梦 绿宝石》的大部分音乐与《
宝可梦 红宝石·蓝宝石》的相同，游戏新增的音乐没有独立推出CD，而是收录在了2012年发售的《
宝可梦 黑2·白2》的音乐CD中。
尽管《宝可梦 绿宝石》的大部分内容来源于《
宝可梦 红宝石·蓝宝石》，但它还是足够有趣，游玩它仍然是一段愉快的RPG体验。与原版相比，《宝可梦 绿宝石》提高了游戏的画面质量，使得游戏成熟了不少，游戏的各种城镇音乐和对战音乐仍然引人入胜。如果玩家已经游玩过原版，那么他们会发现《宝可梦 绿宝石》虽然只是做了一些细微的改动，却依然能精准地抓住玩家的心。不过，游戏的建模还是略显过时。（
GameSpot 评）
总而言之，如果玩家等待了很久才决定游玩《
宝可梦》系列
第三世代的游戏，那么《宝可梦 绿宝石》无疑是最佳的选择。但如果玩家对《宝可梦 红宝石·蓝宝石》没有兴趣，那么绿宝石也可能不适合进行游玩。虽然游戏的剧情会让玩家觉得是重新游玩了原版，但它新增的对战开拓区是个非常有趣的内容，玩家可以体验到真正的4对4对战。（Nintendo World Report 评）